乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。
戦争絶えぬ中世・百年戦争中のフランス。戦を嫌う処女で聖母の名をもつ魔女・マリアが夜な夜な戦場にサキュバスを遣わし、戦争をかき乱す。
