在迷糊博士的指导下，猪猪侠与各种奇异的外星人接触相识，他和铁拳虎解决了孤独星人、量子星人、全城电子产品失灵等事件所带来的危机后，猪猪侠与伙伴们处理突发事件的能力得到了锻炼，逐渐成为一名合格的星际特工。迷糊博士本是超好玩联盟的创始人之一，为了躲避联盟首脑的通缉一直躲藏在童话星球，然而这一天，联盟的人终于找到迷糊老师藏身之处，由于双方实力差距悬殊，猪猪侠保护不了铁拳虎，连自己与伙伴都有生命危险，最后铁拳虎主动走向了联盟，以自己的心核换得大家的安全。
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故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
