魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵……缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
武道初兴之时，恐怖的异兽入侵，人类武者节节败退。陆圣穿越而来，在梦中进入一万年后的世界：一万年后的基础炼体术，经过改版，效果是现在的几千倍！一万年后的呼吸法、炼体药方、武学圣典…… 让陆圣成为人类唯一的火种！
