故事讲述的是乐乐等几个小主人公遇到了来自异世界的机器人小伙伴，帮助他们收集人类情感的正面能量，并打败邪恶的阿酷波斯的故事。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
吹奏乐竞赛京都府大赛。 在那里漂亮地取得金奖的北宇治高中吹奏乐部， 向着下一个舞台·强豪云集的关西大赛发起挑战……！
所谓 PET 称的是有着改变他人记忆的超能力少年，他们被黑社会管理操控来替黑社会达成不可告人的目的，而这群「PET」的领袖为了拯救自己的同伴居然从黑社会手里逃走了。 人类的记忆很多但是高兴的记忆堆在山上，不愉快的记忆则是放在谷底，而正是在这山谷起伏之间一个人才能够得以存在。 能够修改他人记忆的「PET」们自身凭借自己的记忆建立起的超越家人的信赖关系，很多时候记忆是会骗人的甚至是自欺欺人，我们自己也会不经意间修正不喜欢的记忆，至少让自己觉得这些记忆好看一些。
