《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
在同学的眼中，二之宫峻护（间岛淳司 配音）是一个标准的硬汉，身手不凡的他和软妹子之间似乎总有一层肉眼看不见的隔膜，二之宫本人并不是十分在意。某一日，一个粉发的少女出现在了二之宫的面前，而二之宫被姐姐告知，从此刻起，他和少女的同居生活即将开始！原来，少女名叫月村真由（门胁舞以 配音），为了适应校园生活，真由必须要克服她的男性恐惧症，和二之宫同居正是治疗的一部分。之后，大小姐北条丽华（泽城美雪 配音）也以帮佣的身份住进了二之宫的家，就这样，在突然之间有了两个美少女相伴的二之宫，他的生活会发生怎样的变化呢？
