位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
传说龙神于神域坐化，若得神之传承者，成神州新主宰。各宗门帮派为夺龙神传承而纷争渐起。主人公楚千夜因其父遗失宗门镇宗之宝之事，而被视为罪人之子，饱受冷眼，为了帮父亲翻案，他决心前往神域找寻案件线索，却在此过程中意外与龙神传承产生了微妙联系。
讲述可自由变换与行动的12只谜样深悟，与来自地狱的使者共同出现在人间界，住在人类三姊妹的家中秘密实行将人间界变成地狱的计划。
