姜照雪替嫁废天君谢无妄，婚宴未成就被亲姐姐姜明鸾推下云海祭台。坠入空境神殿，她觉醒真正的神女之力，带着母亲留下的真相重返九重天。命灯验身、云桥试炼、归墟取旗——层层揭穿天后百年骗局：所谓"补天献祭"，不过是抽取神女性命供养神座的阴谋。谢无妄以残魂为代价拆毁神座，姜照雪当众证明天裂是伪造的假象，带着三千残兵重建九重天，同时收集谢无妄散落的残魂——她会等他回来，哪怕要一千年。
4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落，漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞，穿过高中的校门。“早啊，莲”。鞋柜前，裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去，看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来，热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话，向教室宣告了新学期的来临。少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝，季节渐渐转变……
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
