在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
擎天柱派热浪、追踪、刀锋、巨石到狮鹫岛，让他们分别伪装成消防车、警车、直升机和推土机，帮助狮鹫岛的人民度过一个又一个难关。这个秘密起先只有查理伯恩斯警长知道，但是机灵的柯迪伯恩斯很快就发现了这个秘密，之后凯德伯恩斯、格雷伯恩斯和达妮伯恩斯也相继知道了援救汽车人的存在。但是为了不引起狮鹫岛人民的恐慌，他们一家以人类与机器人两两组合的 形式隐瞒了这个惊天的秘密。之后，援救汽车人和伯恩斯一家从互相排斥，到通力合作，守护狮鹫岛人民。其中，由于援救汽车人的自我意识，引起了许多啼笑皆非的有趣故事。
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。王冬儿和王秋儿面临生死抉择，最终王冬儿陨落，陷入沉睡。而后霍雨浩因思念王冬儿修炼出了浩冬三绝。等霍雨浩出关，史莱克学院展开了前往日月帝国营救被关押之人的计划……
