这是一个神奇的火车世界，里面生活着许多火车居民，还遍布着无数蜿蜒曲折的铁路和大大小小的隧道，这些铁路和隧道不仅连接贯通了中心广场和各个村庄，还帮助火车世界源源不断地运输能量。可是，在火车世界里，还生活着一群邪恶的捣蛋派，他们总是惹是生非，给火车世界的居民们带来各种麻烦，还总趁超能火车们不注意，偷偷窃取各个地方的能量球，搅得火车世界很不安宁。面对各种各样突如其来甚至意想不到的危机，勇敢无畏的超能火车嘟宝与他的朋友们勇敢地站出来，变出各种酷炫的装备，为拯救火车世界与捣蛋派斗智斗勇。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
里斯提亚国偏僻乡村领地的下级贵族——奥恩斯坦家住着一对姐弟。姐姐玛丽是一个非常喜欢接受父亲练习剑术的活泼女孩。弟弟席恩是个腼腆的男孩子，他非常喜欢呆在房间里看书。虽然两人性格完全相反，但在温柔的父母的守护下，和睦地生活着。有一天，席恩问父亲“魔法”这个东西在这个世界上是否存在。但是，即使是作为贵族有一定教养的父亲，也不知道“魔法”这个词本身。更何况，席恩所说的“从火、水、风、光等元素各种各样的东西”的现象，在这个世界上是不可能存在的……从那一天开始，席恩就显得很失落。但是，有一天，在和姐姐玛丽一起去的湖里，他目睹了“宛如魔法般”的不可思议现象——“现在放弃还为时过早。如果没有魔法，自己做就好了！”席恩开始研究魔法，一边将周围的人卷入其中一边稳步前进。飞出的火焰，奔跑的闪电——一切都是为了使用前世所憧憬的“魔法”！
由于多次抛弃队友逃跑，哀木涕受到了朋友们的鄙视，没有人愿意再和他一起冒险。沮丧的他获得了一件神奇的道具——草裙娃娃，只要摇一摇就能回到过去，从头开始。哀木涕依靠这件宝物回到了认识傻馒之前，幻想彻底改变命运。可他的任性反而引发了一连串的风波，甚至激起了联盟和部落的矛盾，导致了战争发生！眼看曾经的朋友们又一次陷入危机，哀木涕终于意识到了自己的错误。他再一次摇起草裙娃娃，而这一次不是为了逃避，而是为了自我救赎……
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
