继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
“自从来这里以后，我就不用再背负生活的重担。或许正因如此，我才能真正地全力以赴。”欢迎来到这座位于热带岛屿的宝可梦度假村，新手礼宾员春绘与伙伴可达鸭携手迎客，与前来度假的宝可梦共度一段美好温馨的成长时光。春绘（能年玲奈 配音）已逐渐摆脱新手的青涩，与可达鸭一同接待海 魔狮、小猫怪、伦琴猫、风速狗、龙虾小兵等许多新的宝可梦开心入住。春绘与这群贵宾相处得轻松又愉快，偶尔才有突发状况需要处理。某天，一个名叫肯特（町田启太 配音）的男子出现了，而他似乎是春绘的前男友。他为什么会来 ？他与春绘的关系又会如何发展？除此之外，泰勒的叔叔丹（山路和弘 配音）也带着与他相伴15年的海魔狮来度假，只是他时而露出落寞的神情，好像在烦恼什么事情……
