《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
两千年前，阴阳家后人有感于秦始皇焚书坑儒，叹息于阿房宫付之一炬，为“不教天下才情付之东流”，他开始在文人墨客辞世之时，将其元神凝炼成笔，以保其才情流传后世。两千年后，普通大学生罗中夏意外获得李白的青莲遗笔，从此拥有了笔灵带来的超能力。但好景不长，多方势力都对青莲遗笔的强大力量趋之若鹜，也令罗中夏屡涉险境。为躲避纷争，罗中夏一心寻求退笔之法却接连受挫，反倒开始了一段与“管城七侯”的不解之缘．...
本作讲述从小就被诅咒「只要碰触到东西就全都会死亡」的贵族少爷，以及唯一愿意陪伴且不时性骚扰他的女仆爱丽丝，两人虽两情相悦却不能触碰彼此的恋爱故事。
