《迷你特工队之超级恐龙力量特别篇》讲述的是迷你特工队和想要侵略地球的汪汪海盗团之间斗智斗勇的故事。由于受到汪汪海盗团头目奇奇的欺瞒，海盗团行动队长波波和其他海盗团成员坚定地想要侵略地球，抢夺地球上的资源。但波波不小心流落在地球上了，并和迷你特工队以及地球上友善的人们展开了一系列的故事，过程中得到地球人的帮助，也感受到了地球人的真诚。最终波波识破了奇奇的阴谋，和迷你特工队一起战胜了奇奇的最强机器人。
经过一番激烈的搏斗，葫芦七兄弟团结一心，终于把蛇精和蝎子精打败，七兄弟化作七色奇峰，将妖精镇压山下。葫芦兄弟和妖精的战争惊动了住在山中另一边的青蛇精。青蛇精是蛇精夫人的妹妹，她比姐姐更加狡猾。得知葫芦山争斗的始末，青蛇精决定将葫芦娃们抓来炼成长生不老的七心丹，替姐姐报仇。
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
