十年前，苏家因巫蛊案满门蒙冤，长女苏昭雪侥幸逃生。为寻找失散的妹妹并查清真相，她女扮男装，闯入京城。因缘际会下，她与被卷入案中的御史方济联手，以钦差身份前往晋州探查。两人抽丝剥茧，发现地方官借巫蛊之名贩卖私盐的阴谋，更牵扯出苏家旧案的线索。随着调查深入，幕后黑手也就是当朝国师逐渐浮出水面，其阴谋直指皇权。苏昭雪与方济历经生死，最终在朝堂之上揭露惊天真相，为家族与无数冤魂昭雪，并携手归隐。
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
