文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵
古鲁一家发现一个冻在冰块里的男人，他们解冻后发现他竟然是奶奶的旧情人，这真是一段令人回味的往事！在山坡上一次危险的酸蓟收获季，格鲁格救了霍普一命。霍普非但没有感激，反而拼命地想要救格鲁格一命，以免欠他人情。乌嘎决心要让霍普知道她厨艺不亚于格鲁格，于是决定做一顿让农场居民赞叹不已的美食。但当乌嘎意识到自己力不从心时，她向一个意想不到的地方求助：打孔猴。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
