二十年代末，上海公共租界巡捕探长方鹏因系列连环凶杀案，卷进了一个复杂的案件之中。国民政府实业部长孔培之派心腹手下杜鹃深入上海滩，企图破坏刚刚由地质学家萧安邦领导的铁矿开采计划，意图囤积居奇，抬高铁矿价格，达到中饱私囊的目的。不料，这个大铁矿的发现引起了英、美、日等多国列强的垂涎，各方不择手段，企图夺取铁矿开采权。方鹏抽丝剥茧，逐渐找到意图夺取铁矿的最大黑手原来是日本人。最终方鹏在钱菲菲等一群爱国志士的帮助下，揪出了中饱私囊的孔培之，击杀了实为日本人的杜鹃，保护住了铁矿。
本剧以2014年中国医疗队奔赴非洲西部多国参与抗击埃博拉出血热疫情这一事件为核心原型改编，讲述了病毒学家郑书鹏（罗晋 饰）和所在的中国医疗队猝然间遭遇西非埃博拉疫情大爆发，在非常有限的医疗条件下，用精湛的医术与病毒展开艰苦卓绝的战斗；同时，华裔调查记者何欢（毛晓彤 饰）因暗访一桩钻石走私案而深入西非，与中国医生医道无界、生命至上的理念产生共鸣，加入了共同抗击疫情的队伍，展开了一场科学与疾病、光明与黑暗之间的生死较量。
故事发生在20世纪30年代的川藏一带，中甸地区的草原上，彪勇孔武的青年扎西平措（胡歌 饰）纵马奔驰。童年时发生在母亲身上的悲惨一幕，让怀着报仇念头的他跟随虫草老爹进入九龙湾当了马贼。成年后，为了救回被人抓走的虫草老爹，扎西劫走了土司多吉（巍子 饰）及其女儿勒仓卓玛（王力可 饰）。这是一场由阴谋导致的误会，却让青年和美丽的卓玛结下不解之缘。大时代背景下，川藏自然无法偏安一隅。中甸国民政府县长王大隆妖魔化共产党，策动多吉的弟弟桑吉（多布杰 饰）篡夺土司位置，阻止红军进藏。
宋慈（何冰 饰）参加京试中了进士，预备返家完婚后随同科好友孟良臣（吴军 饰）赴边城。岂知，直至完婚那日，宋慈父亲宋巩依旧未归家。两位新人正拜堂之际，一辆马车却载回了父亲的遗体，宋巩一生从事刑狱审戡，从未出错，却因一次误判人命功亏一篑，这是以死谢罪，还留下遗书禁止宋门后代涉足刑狱。岂料，祸不单行，孟良臣在上任途中被谋杀的噩耗传回。在母亲的劝导下，宋慈动身边城，为挚友查明了案情，还它清白。由此，宋慈被破格提升为大理寺正六品主事，后又被任命外省提点刑狱。宋慈接连查明侦破了“太平县冤案”、“李府连环案”、“毛竹坞无头案”、“城南井尸案”、“遗扇嫁祸案”、“梁雨生命案”、“李玉姑失踪案”等一桩又一桩的悬案……
小贤（陈赫 饰）和一菲（娄艺潇 饰）的事业都开始走上正轨，但互相之间的感情依然磕磕绊绊。而子乔（孙艺洲 饰）和美嘉（李金铭 饰）之间虽然做回了男女朋友，但吕子乔的花心本性并不改，貌似还是喜欢去泡妞，着实让美嘉头疼。关谷（王传君 饰）的事业蒸蒸日上，但是和悠悠（邓家佳 饰）之间也还是偶有嫌隙。展博（金世佳 饰）对于宛瑜依旧难以忘怀，但也重新开始寻找新的伴侣。张伟（李佳航 饰）的事业终于迎来春天，即将结婚，并且回到了爱情公寓。大家在爱情公寓里一起经过了那么多年，那么多事，每一个人都开始渐渐明白自己的生活方向和彼此在自己心中的位置。不仅仅有相互之间的调侃、戏谑、捉弄，也更多了份相互鼓励、帮助、扶持。有美好，有欢笑；有失落，有惆怅；有努力，有奋斗，爱情公寓一如既往的见证了大家的青春与成长，无论是一菲、小贤、关谷、悠悠、子乔、美嘉、益达还是展博，大家的故事还在继续……
