28岁的方平意外重生到了2008年的平行世界，回到了18岁高中时的自己。这是一个由武者体系构成的世界，在这里，武者拥有极高社会地位及权利。因前世战天帝的命运巧合，重生后的方平体内生成了武道系统，可通过接触任意价值的稀有道具转化为武道值，以超越常人的速度将骨骼、筋脉、肉身、气血、精神力等一系列能力提升。通过系统金手指及自身头脑，方平顺利进入摩都武科大学进修，在日后的岁月中，不断完成自我成长。面对未知的困境，他逐渐意识到武者需要承担的责任与守护亲情、友情、爱情的使命。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
“想洗清嫌疑，方法有很多，语言辩解只是其中的一种，但也是最无力的一种。实力也是一种辩解的方法！”
紫川秀，这位在魔族大营内孤身击杀紫川家叛徒的将领，在远东地区神秘圣庙守护长老的支持下，成为了远东地区数十万联合部队的首领。一位新的远东之王——光明王，诞生了！
斯派罗试图证明自己像其他 Skylanders 一样拥有超能力，但当他们陷入危险境地时才意识到自己的力量。
