舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。《月刊妄想科学》是一本异想天开，报道“真是吓人一跳！”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦！”声音的超科学现象的科学杂志。工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。编辑部一直是空的，塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石（ROCK）》中。有一天，科学家戈洛·佐藤前来咨询，由此开始了一个异想天开的故事……。
全国最强的10大高手对决赛
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
车祸身亡的林渊，意外地穿越到了平行世界，并成为了一头自带签到系统的怪兽！在马里亚...
