故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
“自从来这里以后，我就不用再背负生活的重担。或许正因如此，我才能真正地全力以赴。”欢迎来到这座位于热带岛屿的宝可梦度假村，新手礼宾员春绘与伙伴可达鸭携手迎客，与前来度假的宝可梦共度一段美好温馨的成长时光。春绘（能年玲奈 配音）已逐渐摆脱新手的青涩，与可达鸭一同接待海 魔狮、小猫怪、伦琴猫、风速狗、龙虾小兵等许多新的宝可梦开心入住。春绘与这群贵宾相处得轻松又愉快，偶尔才有突发状况需要处理。某天，一个名叫肯特（町田启太 配音）的男子出现了，而他似乎是春绘的前男友。他为什么会来 ？他与春绘的关系又会如何发展？除此之外，泰勒的叔叔丹（山路和弘 配音）也带着与他相伴15年的海魔狮来度假，只是他时而露出落寞的神情，好像在烦恼什么事情……
