佐伯丽奈（原奈津子 配音）是一名平凡的高中二年级女生，个性十分开朗活泼的她对世间的一切都充满了浓重的好奇心。朝比奈凉香（藤田奈央 配音）是丽奈的同班同学，一头利落短发的她，性格像男孩一样大大咧咧，不仅运动神经非常发达，成绩也常年霸占年级第一名的宝座。五十岚琉璃子（徳井青空 配音）是丽奈青梅竹马的玩伴，沉默寡言时常放空自己的她实际上拥有超强的灵感力，常常能看见别人看不见的东西。
花季少女表白温柔女前辈，谁曾想前辈竟然是男生！？
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。天人组织消失了，世界从3个巨大的国家联盟统一为一个联合政府，世界已经统一。但是，这只是表象。表面的政治统一，但军方秘密组织A-LAWS在暗中从事武装镇压，镇压所有反对联合政府的组织与团体。这样的世界，没有改变。人类依然没有从战争、纷争、矛盾之中解脱出来。天人组织再次回归！高达驾驶员刹那•F•清英驾驶新型号的机器人——高达00再次武力介入。这次，天人组织要面对的不仅是A-LAWS的机动战士部队，还有神秘组织变革者——其首领里冯兹正在计划一个更大的阴谋！《机动战士高达00》系列动画片第2季。
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
