当冰冷的子弹穿透胸膛，卧底警察最后看到的，是组织首领那张带着嘲讽的脸 —— 他潜伏三年，却因身份暴露，最终死在亲手收集的证据被毁的前一刻。带着未能将犯罪集团连根拔起的遗憾，陆沉闭上了眼睛，可再次睁眼时，刺眼的阳光与熟悉的出租屋让他猛然惊醒：他竟重生回到了三年前，正是自己刚接受卧底任务，准备潜入 “暗鸦” 组织的那一天。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
