在特里学校里，将基因植入人体是孩子们的新奇事。由于实验对象表现出过度攻击性的行为，市政府打算将这种做法定为非法。蝙蝠侠对此表示怀疑。
4月。下雨的早晨。开始凋零的樱花被雨滴打落，漂浮在积水之上。学生们撑着五颜六色的雨伞，穿过高中的校门。“早啊，莲”。鞋柜前，裤袜湿透的莲被由亚搭话。略显忧郁的莲回过头去，看到全身湿透的帆美蹦蹦跳跳地走来，热闹地说着话。3个女学生没啥营养的对话，向教室宣告了新学期的来临。少女们无可替代的宝贵时间向前飞逝，季节渐渐转变……
里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。
自称宇宙第一天才科学家的达撒恩博士将来自宇宙不同星球的四名青年米娅、罗伦、佩和兰巴改造成为了拥有超能力的最强战士，并准备将他们卖给宇宙海盗巴卡集团。然而四人中的米娅·艾莉斯却恢复了失去记忆，受她的影响，其他三人也先后恢复了记忆。由于厌恶巴卡的所作所为，四人驾驶达撒恩博士开发的最强机器人弹劾凰逃离了巴卡集团首领卡里莫斯大船长的魔掌。之后四人为了逃避巴卡集团的追击而在宇宙中四处漂泊……
故事发生在上野公园内，这座表面上看起来平平无奇的公园内，其实隐藏了一个小小的正义团队“COLORS”，而团队中的成员，均为可爱活泼的小学女生。为了守护上野的和平，赶跑企图策划阴谋的坏人，三个女孩每一天都在努力着。结衣（高田忧希 配音）是COLORS的领队，拥有着凝聚人心的气场。虽然平日里是个性格十分胆小的好哭鬼，但一旦被惹怒，便会展现出非常恐怖的一面。小幸（高野麻里佳 配音）的家中经营着一间蔬果店。做事咋咋呼呼的她是身体比头脑先一步行动的类型，常常因此而惹出笑料。琴叶（日冈夏美 配音）是一个沉迷于游戏的宅女。
