基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
陆羽作为一个穿越者（可有可无），来到一个遍布诡异的世界小心翼翼的生活了16年。尽管十分谨慎，但还是意外撞见邪教徒祭祀现场，被邪教徒盯上，危难之际，他觉醒了系统，制造怪物，打败邪神眷属。然而，随着他“视野”的开阔，他所认识的人，所接触的事越来越多，直到他发现人类缺少的秘密。
斯派罗试图证明自己像其他 Skylanders 一样拥有超能力，但当他们陷入危险境地时才意识到自己的力量。
