遥远的恐龙时代，被称为星际病害随着陨石到地球。就连恐龙也被他们消灭。但是有一群幸存下来经由神圣之力而进化的恐龙在历经奋战后，将邪恶首脑冰冻封印拯救地球。之后它们就与贤神托林以及认同的勇者继续守护世界。随着时间的流逝，被封印的宿敌苏醒。面对地球上的生命被消灭的危机，在托林的努力下，五名勇者集结组成队伍，透过寄宿着恐龙灵魂的“兽电池”来驱动的“兽电龙”一同努力对抗邪恶军团！
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
