故事发生在巡之丘学园中，丈枪由纪（水濑祈 配音）天真可爱，是名副其实的开心果。惠飞须泽胡桃（小泽亚李 配音）踏实可靠，她的坚强和元气影响了身边的每一个人。若狭悠里（市道真央 配音）温柔坚强，是大家心目中稳重的靠山。直树美纪（高桥李依 配音）外表冷漠，但内心的热情不容忽视。这些可爱的孩子们共同组成了“学园生活部”，每天都在进行愉快的部活。
十年前七形门传人岳斌因一场拳赛被绞断右手，从此永别拳坛。潦倒失意的岳斌只能浑浑度日，在收到青梅竹马订婚宴的通知，二人相认后岳斌为救钟灵被撞重伤，而钟灵被神秘面具男枪杀，带着愤怒和不甘，岳斌重生了，这一世岳斌会如何选择？
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
