咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
叶家废柴少主叶凡丹田被废，受尽屈辱，在遍尝人间冷暖以后，获得了虚假的记忆与强大的力量，仍坚守本心，最终踏上拯救苍生的旅途。
暑假的第一天，罗旋和魔幻陀螺的守护者智辉成为了好朋友，并且和魔幻陀螺赤影相遇了。魔幻陀螺是来自远古文明的神奇力量，在智辉的号召下，为了寻找更多的魔幻陀螺，防止魔幻陀螺被坏人利用，罗旋和好朋友晓亮、智辉一起成立了魔幻小队。在旋力感应器的指引下，小队成员们几经波折分别找到了属于自己的魔幻陀螺。在这期间他们也和美伊、南星、大力成为不打不相识的好朋友。魔幻小队有了新的成员加入，重新集结再出发，面对窥伺魔幻陀螺力量的乔老大，大家齐心协力，最终破解了乔老大的阴谋。但这仅仅是开始，还有更大的挑战等待着他们。面对难以逾越的困难，小队成员们也渐渐学会提升自己的旋力能，为魔幻陀螺们注入更强的能量，和魔幻陀螺一起并肩作战
