中原王朝大兴国，一起隐秘的陈年旧事，引发当朝贤相身陷囹圄，家破人亡，不谙世事的相府大小姐受尽苦楚，一心寻找背后真相，与那远离朝堂纷争的二皇子相遇，遂女扮男装，伴其左右，潜伏在暗中调查自家冤案，在寻找真相的过程中与高冷的二皇子暗生情愫。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
这是和数个怪异交织在一起的微不足道的友情和别离的故事。
