一心寻妖的少年人吴道应，在厌倦了衙役的敷衍日常后，愤而离职，跟随青玄踏上了缉妖之路，并在后续和各路妖怪的交手中，逐渐突破自我、坚定信念，最终破除困境，用勇气和悲悯实现了个人的成长和对他人的拯救。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
