大学生凌辰，参加学校的研究所实验，结果被冰冻了200年。200年后醒来，发现人类已经毁灭，废土上生活的全是人形化的动物少女。意外解除了凌辰冬眠的，正是一名奶牛少女——伊莉。为了活下去，凌辰发挥自己作为人类的科学文化知识，收集能力各异的兽娘们，扫清野蛮种族的威胁，建立一个末世理想国。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
