东方桃子本是一名普通女孩，某天发现书包里多了一本花语笔记，桃子好奇地打开笔记，一位风铃草精灵突然从笔记中出现，还告诉她外婆出事了！桃子匆匆赶到院子，发现她的外婆正被一只黑色小猪袭击，昏睡不醒。为了拯救外婆，桃子在风铃草精灵的指引下，前往一间神奇的花店。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。
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佐仓羽音（上田丽奈 配音）是刚刚进入高中，即将展开崭新的高中生活的十四岁少女，在开学的第一天，羽音在机缘巧合之下目睹了一辆风驰电掣的摩托车从自己的身边驶过，就此一发不可收拾的对帅气的摩托车产生了浓厚的兴趣，甚至就此加入了学校里的摩托车部。个性认真而又谨慎的铃乃木凛（东山奈央 配音）、虽然看上去大大咧咧但一遇到有关摩托车的事情就意外的认真的田野恩沙（内山夕实 配音）、身为有钱人家的千金小姐但却格外渴望成为不良少女的三之轮圣（山口立花子 配音）、沉默寡言一切都是谜团的川崎来梦，和这些少女们一起，羽音骑上了专属于她的摩托车。
玄都山掌教沈峤一心避世，却无意中卷入江湖纷争，身中奇毒，坠下山崖双目失明，被浣月宗主晏无师救起后，随晏无师游历江湖，逐渐找回失去的记忆，揭开了隐藏在纷繁芜杂事件中的大阴谋。一本武林秘籍的出现搅乱了武林平和的假象，看主人公是否能看破全局修得剑心。
