神奈川新机场被用面具遮住脸的武装团体“兽”占据。再次被卷入事件的武藏，向1年前的事件以来，休职中的管理官·和泉樱请求协助。情报分析官志摩和新的朋友也加入其中，从机场救出人质，“消灭”比前作的“鬼”更危险的“兽”。另一方面，在横浜湾医院握手术刀的武藏的妻子心脏内科医生裕子也被卷入了某 个事件。解救人质的期限只有一天。“兽”们的真面目、目的、还有武藏家的命运是什么呢?
分集剧情梵花飞尸案勾栏院中飞尸陨落，尸身布满诡异绮丽的枝蔓状花纹。锦衣卫指挥史离奇暴毙，京城再掀梃击恐怖……无间浮屠案新帝登基，阴云遮日，佛像霎时青光遍体，沁血如泪。似天降不祥之气，众人惊恐之声响彻大殿……魑魅夜游案科举盛事，八方才子集聚京师，觥筹交错之时，探花身中数刀惨死，状元呓语惊人，城中诡影频现，似故人索命。朝堂市井，惶惶不得终日……飞火燃灯案花灯佳节，酒酣之时，观景台上，一人口中喷涌出青绿色烈焰，瞬时火焰蔓延全身，整个人成雄雄燃烧之势，坠落之时，一触即发，城中数人顷刻间身道异处……萧墻之殇案宫中旧人，接连殒命，疑犯无迹可寻。凶案频起，欲与重明卫叫嚣。“尸音”扑朔迷离，三人组生死成谜……
李奇（罗嘉良 饰）因为不愿同警长雷劲（骆应钧 饰）同流合污而遭到了后者的排挤和刁难，然而李奇机敏聪慧，屡屡凭借自己的力量破获奇案，雷劲因此也奈何不了他。罗帮办是一手教导李奇成才的师傅，他告诉李奇，如果能够破解二十年前的女飞贼黑玫瑰之悬案，或许就能够彻底扳倒雷劲，李奇摩拳擦掌，斗志昂扬。
故事发生在明朝末年，胡、苗、范、田四家人本是至交，却因为一场误会而结下了血海深仇，其后人们更是为了争夺明室遗留下来的宝藏而大打出手死伤无数。胡一刀（吕良伟 饰）侠肝义胆想要使沉冤得雪消除误会，却遭到了田归农（曾江 饰）的陷害最终命丧苗人凤（谢贤 饰）手下。
