东方神娃化为光明之土和水飞向失去光明的太阳和月亮，天下重现光明。但黑暗势力经过漫长岁月的重生，培育出了黑暗斗士，侵袭人间，人类面临危机。为了平息浩劫，东方神娃经过太阳和月亮的再造又返回天下。可是黑暗斗士把天下猛兽变成了猛兽斗士，成为黑暗的杀手，人类与动物的战斗开始了。东方神娃经过自己的努力感化了猛兽斗士们，并与宇宙斗士们一起再次打败了黑暗之势，拯救了和平的地球。神娃到底依靠什么一次次化险为夷，并战胜了强大的黑暗斗士呢？迷底就要揭出……
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
