这是一场在瑰丽奇幻的思量岛上发生的关于阴谋与救赎的故事。从主角镜玄探寻父母逝世真相的事件切入，一步步揭开思量岛上的秘密往事，同时展现了一群年轻人为了各自的人生目标努力蜕变成长、挣脱枷锁的故事。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
早期人们对恐龙的种种推测和猜想，不断被新发掘出的化石所推翻，很多认识不得不予以更正。随着近年来越来越多的恐龙化石被发现，人们对恐龙世界的认识比过去更加准确和全面了。
拥有不幸体质的和泉每次都会遇到倒楣的事情，在高中联考时，他在女强人式守的帮助下，才得以拿回被风吹到树上的准考证，从而考上高中。和泉一直想亲自向她道谢，但没想到的是两人很有缘地就读了同一所高中，并成为了男女朋友。在和泉眼中，式守是一个完美的女朋友，总在危机发生的一刻帮自己挡灾，但没想到她仍是有弱点的。两人的爱情喜剧故事，在高中校园内展开。
