1274年，秋。一艘流放船在暴风雨中驶向对马。目的地是流放地对马。御家人宗助国的女儿－辉日姬在对马迎接了流放船。之后举行了接风宴，而在宴席上，流人们知道了一件可怕的事。从高丽出发的蒙古高丽大军，正向日本前来，而这些流人们，就将被送上战争的最前线，成为守护对马的军队人员。“为了对马，请你们牺牲吧”辉日姬冷漠地对流人们说
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。 小小的唐三在圣魂村开始了他的魂师修炼之路，并萌生了振兴唐门的梦想。当唐门暗器来到斗罗大陆，当唐三武魂觉醒，他能否在这片武魂的世界再铸唐门的辉煌？
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
