九域战神之子杨小乙因为父亲战败而被流放到第九域地球，在突破第九域晶壁时肉体和神力破碎，重生在地球。之后进入紫薇学院修行，因为灵根资质极差被称为史上最废物的学员，但是他获得了神秘而强大的天域系统，开始重新走上修炼的道路，并且联合九域的强者共同对抗邪恶的灭神军团。
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
