故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
三千位面守护者女主神绫清玄意外死亡，为了寻回和记忆，把小黑莲男主染回小白莲，女主神用她的实际行动告诉围绕在生命男主身边的飞蛾们：无论哪个世界，我都是永远的神！
在进行机甲武斗大会的冠军战时，布莱札德突然来袭，十年前他们也曾侵袭而来，但不知为何他们这次就很干脆地撤退了。然后这样过了好几个月的某日，在创世纪特区的里昂一行人正要接受训练时，天空突然出现异常现象，竟然出现了镜像世界的里昂他们，这到底是怎么一回事呢？
一人之力，对抗神魔
