万界大陆，强者如云，天才辈出。无数万中无一的少年天才，被冠以神子、帝子、道子之称...
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曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。
变形联盟和海澄合力击败敌人，平溪市再次回归和平。然而时空能量异常波动情况却愈演愈烈，导致现实世界与平行宇宙发生交错产生了时空歧点，时空兽也随之出现。就在变形联盟忙于对付时空兽修复时空歧点时，茜卡与双子星汇合，策划了一系列针对变形联盟和平溪市的侵袭行动，也趁乱夺走沉睡在基地中的虫王卵。阻止时空错乱，抵抗浩肯星侵袭，面对双重压力和危机，变形联盟和海澄毫不退缩。但在一连串的强攻之下众人逐渐失去自我，在海澄的帮助下恢复斗志，最终一起击败强大敌人，守护了时空秩序与地球和平。
秘密结社如月是地球上无人不知无人不晓的邪恶组织，他们爪牙无数，四处侵略，作恶多端，并且最终实现了征服世界的野心。然而，当这个终极目标达成之后，公司已经不再需要那些曾经为了战斗而为公司卖命的战斗员们了，为了避免裁员问题泛滥，公司高层决定打开格局，将侵略的目标锁定到了宇宙之中。
