在蓝星之外，平行世界尽头的深渊中，封印着一众自远古时期遗留的可怕存在。这道深渊的封印由各族精灵仙子轮流看守，每百年轮换一次。直到有一天，精灵女王意外受到重创，长眠不醒，没有了女王镇压，藩王作乱，欲与异族联手抵达蓝星，攻占人类世界……
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
