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马云飞和高寒婚礼的当天，来了一个不速之客——“五号特工组”的老朋友老于，恳请他们再次出山，执行一项别人无法完成的任务：追查盗窃美国核武器资料的双料间谍吉川猛夫。为此，高寒做了落跑新娘，跟随欧阳剑平和李智博赶赴云南接受任务，马云飞和何坚也被迫出山，于是“五号特工组”五位成员：语言专家欧阳剑平、爆破专家李智博、特工马云飞、密码专家高寒、“神偷”何坚再次集结上了前线。同时，日本方面派出了他们的杀手锏，酒井朝香——她是酒井美惠子的亲妹妹，一个手腕更加毒辣凶狠的高级女间谍。“五号特工组”出师不利，被吉川猛夫还没有暴露的同伙陷害入狱，五号无奈之下集体越狱……一面躲避美军的追捕，一面追击吉川猛夫，最终揪出了美军内部的叛徒，抢在酒井朝香之前找到了失窃的核武器资料。战事愈演愈烈，前方战场的士兵出现了大规模病毒感染，五号特工组受命调查，路上和这场病毒站的祸首桥本失之交臂。桥本还是个视科学试验高于一切的科学怪人，他给高寒注射了病毒，把她当试验品绑架走，一路细心的保护研究。马云飞、李智博、何坚深入滇缅边境，经过艰难的丛林追击战，摸到了敌人在缅甸境内的生化基地。此时，高寒为了拿到病毒血清，街救前线的大批战士，也差点献出了生命。战事紧急，正面战场物资短缺。蒋介石盯上了阎锡山早年私藏的军火，阎锡山以军火库建造者李阳失踪为由，不为蒋介石提供军需。戴笠不得不再次求助于五号特工组，让马云飞四人潜入山西，寻找军火库建造者李阳的下落。五号特工组利用日军司令风间义博嗜爱中国画的喜好，窃得蒋介石家里的古代名画为诱饵，钓了风间义博上钩。籍由卖画，深入风间义博居住的司令部，趁机偷拍日军晋中会战战斗记录和花名册，此时酒井也来了，马云飞巧妙周旋，在被识破的前夕，顺利逃出日军司令部。五号按图索骥，马云飞、何坚通过假招供的手段，进入康坑归化监狱。俩人费尽周折，终于取得了监狱里犯人领袖朱非的信任，协助他越狱。朱非行动失败，临死前告诉马云飞，自己就是李阳，五号终于抢在日本人之前找到军火库。五号特工组带着宋美龄心爱的国画回到重庆，准备完璧归赵，一下飞机就碰到了来华援助的美国飞虎队队长陈纳德在机场遇袭。五号特工组没来得及脱身，被老于和戴笠堵在了门口。五号从重庆机场枪击现场查起，利用物理、枪械等知识，依靠心理学和推理演绎等手段，从极为有限的线索中还原了枪击现场，并沿着蛛丝马迹，彻底瓦解了日本人了刺杀阴谋。揭开真相后，马云飞等人奉命保护陈纳德来重庆；陈纳德夫人为了确保陈纳德安全，还请来了美国的安全顾问罗特。罗特到达后，对马云飞等人的行动多有指责，而层出不穷的意外，也让五号特工组屡屡陷入被动。马云飞等人几经周折，发现一切事件的真凶，是安全顾问罗特造成的——这家伙是个冒牌货。五号特工组接到中国远征军孙立人将军的邀请，送一份重要的河道图去缅甸，和他们通行的还有随行记者崔媛媛，马云飞的老同学，高寒为此吃醋不已。他们都不知道此时的崔媛媛其实是易容后的酒井朝香，酒井杀害并冒充崔媛媛跟着五号的目的是混入远征军基地，配合日本轰炸机实施轰炸。只有高寒一个人识破了崔媛媛的面目，其他人却都认为她是在吃醋起疑，不相信她的话。当大家一个个被易容的酒井送进陷阱，指引日本轰炸机的篝火即将被点燃的时候，离队许久的欧阳剑平带着陈纳德的救援赶到。酒井朝香重蹈了她姐姐的命运，五号特工组又一次团聚，高寒和马云飞这一对恋人却成为了陌路。

一群勇敢的年轻记者在一场突如其来的悲剧之后，发现自己陷入了覆盖全球的政府谎言和腐败网。通过危险的国际调查，他们竭力揭露流氓政府的邪恶活动，并付出了发掘真相的代价。

勤劳朴实的客家女玉秀莲，嫁给赣南第一富豪、钟家二少爷钟正义做小妆，由此开始经历了一场连她自己也完全预料不到的传奇人生，她凭借自己的聪颖和客家人特有的坚韧，终于在这客家大家族中站稳脚跟，并在家族巨变和个人情感的纠葛中表现出色，赢得了信任，逐渐成为这个传奇家族800多年来第一个女性掌门人，她带领这个历史 悠久的客家古村村民，在清末的社会巨变中追妹幸福发展之路。本剧围绕白鹭村钟家的兴衰变化及钟、严两家从斗争走向融合以及三代人的恩怨纷争、爱情纠葛展开故事，人物众多，起伏有致，并富有浓厚的民俗风情，引人入胜。本剧通过钟、严两家的纷争，折射了清末中国社会政治、经济的变化，着力表现了国盛家荣、国破家亡的主题以及团结向上的思想内涵和坚韧不拔的民族精神。

从这一季开始更换了片尾曲，体现出超人的进一步成长，要处理更困难的局面、对付更黑暗的敌人。

长河县纸扎铺突发红衣新娘飞头自燃案，神捕刘神前往探查，凭缜密推理崭露头角。立志当捕快的小厨娘阿晴，意外成为他的助手，二人查出原来是纸扎铺父女自导自演为躲逼婚。皮影戏楼再起命案，班主离奇身亡。刘神查案中化身“傻子布布”，阿晴悉心照料助他恢复，深挖十年旧案后，揭开班主之女小盼为母报仇，借皮影艺人阿财弑父的阴谋。阿晴终圆捕快梦，刘神留县追查自身过往，却遇与阿晴容貌一致的神秘杀手，新危机正悄然逼近。