魔王终于被勇者打倒，世界恢复了从前的宁静，这样宁静的日子，一过就是15年。这一天，一位名叫风色琴音（井上穗乃花 配音）的女孩孤身一人来到上京，她的目的地，是一间名叫RPG的不动产中介，她要在这里工作。性格天真烂漫，能够和亚人交流的弗雅（木野日菜 配音）、以成为神官为梦想而努力着的，表面看起来有些严厉，实际上内心非常可爱的露芙莉娅（川井田夏海 配音）、身为战士时所向披靡，可在不动产的工作能力却堪忧的拉琪拉（石见舞菜香 配音），等待着琴音到来的，是这些可靠又古灵精怪的前辈们。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
