宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有民间军事组织“神圣军事同盟”还在坚持抵抗。出于一个完全偶然的机会，少年胡索·艾文成为神圣军事同盟的驾驶员，被赋予了最新锐的机体，V高达……
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
圣迹之地选拔赛结束后，周元和夭夭前往苍玄宗。入宗要先做外山弟子，再参加选山大典，根据成绩选择苍玄七峰，成为正式弟子。 周元和夭夭成为外山的一等弟子，并一一化解敌人的刻意刁难，显露自己的实力。同时，他们与沈万金、顾红衣等人结为好友。 选山大典，周元力压各路天骄，勇夺第一名。但让众人震惊与不解是，周元选择了苍玄七峰里最弱的圣源峰。 这是因为在圣迹之地时，前任宗主苍玄老祖指引周元前往圣源峰寻找苍玄圣印的第二道圣纹。 圣源峰资源匮乏。周元为获取修炼资源，主动请缨参加紫源洞府的资格赛。在获得了洞试资格后，与夭夭一同前往源池历练。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
