《暗渡》以抗日战争为时代背景，海归出身的中校军医汤敬武原是一名思想单纯的专业学者。作为一名中国人，他本能的热爱和平，尊重生命。面对惨烈的战争，在缺医少药的情况下他仍恪守着救治所有为和平而战的人。然而，随着社会动荡，个人命运起伏跌宕的转变。在痛失真爱后，汤敬武的思想也发生了根本性的变化。他渐渐从文弱书生中解脱出来，组建了自己的队伍，用智慧与勇气保护着家乡，尽管几遭周折，他仍小心翼翼的信守着自己的诺言。用生命捍卫着革命，书写着忠诚，直至最后拼尽自己的全部…。。
紫禁城，以其恢弘的宫殿建筑和绚丽的文物珍藏为世人瞩目，而坐落在紫禁城西侧的中国第一历史档案馆，却鲜为人知。它，保藏着明、清两朝一千余万件珍贵历史档案，其中有皇帝传位的绝密遗诏，有王公大臣办理政务所上的秘密奏章，有全长近千米的刑科题本；有历次科举考试的金榜，还有记录着二十多万皇室成员"尊贵血统的皇族族谱……。举凡国家大政，宫闱秘事，均可于其中搜寻出蛛丝马迹，窥见历史的真貌。这些原始档案以其真实性、系统性而无愧"东方瑰宝"的美誉。每一件档案都承载着一段遥远的历史，述说着一个鲜活的故事。
李奇（罗嘉良 饰）因为不愿同警长雷劲（骆应钧 饰）同流合污而遭到了后者的排挤和刁难，然而李奇机敏聪慧，屡屡凭借自己的力量破获奇案，雷劲因此也奈何不了他。罗帮办是一手教导李奇成才的师傅，他告诉李奇，如果能够破解二十年前的女飞贼黑玫瑰之悬案，或许就能够彻底扳倒雷劲，李奇摩拳擦掌，斗志昂扬。
陆远（孙红雷 饰）常年定居美国，是一家米其林三星餐厅的主厨。一场意外中，陆远的死党彭海（董勇 饰）不幸身亡，带着好友的骨灰，陆远回到了中国，希望好友能够长眠于祖国的土地之下，与此同时，他亦准备将彭海的女儿彭佳禾（关晓彤 饰）送回到她的母亲身边。让陆远没有想到的是，他一 直无法放下的前女友甘敬（车晓 饰），如今竟然和自己的好哥们儿江浩坤（王耀庆 饰）出双入对，这令陆远感到十分痛苦。与此同时，一位名叫小蔡（张艺兴 饰）的学徒对陆远死缠烂打，希望向他拜师学艺。江莱（江疏影 饰）是江浩坤的妹妹，她的出现，给陆远灰暗的生活带来了一抹不一样的色彩。
作为一群野蛮人的首领，塞瓦斯蒂安·本图拉，外号"毒液"，多年来一直在亚马逊屠杀西班牙国王的驻军。当这位美洲最无情的叛徒最终被抓获时，国王提出了一个令众人惊讶的提议：让"毒液"凭借他的傲慢和无畏来训练驻军。与此同时，警长被判处死刑，并等待执行。他知道贡萨洛永远不会原谅他，因为他杀死了贡萨洛的妻子。尽管如此，他还是决定给他的弟弟写一封信；侯爵夫人不愿意接受埃尔南将被处死的事实，并将尽一切努力拯救他。玛尔格丽塔摆脱了她在前几集里的穿着习惯，开始了新生活成为王后的裁缝师。也就在那时，她和贡萨洛的感情更近了一步。在这对主角被爱滋润的时候，镇上将经历巨大的变化，他们最亲爱的一位乡亲的意外死亡将使他们陷入深深的悲伤之中。
