该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》，讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案，全家惨遭灭门，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”，不仅会治病救人，还能剖尸探案，顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟，燕迟一心为晋王翻案，与秦莞为父昭雪的目标不谋而合，二人一起回京，途中联手破获了各式诡谲大案。回京后，一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提，燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
明朝时期，为了寻找治国之道的太公天书，诚王爷和新科状元陆鼎文应明神宗之命，进入到太祖皇陵。皇陵需三把钥匙开启，二人各有一把，第三把则在皇陵之中。但这把钥匙也被尾随他们的日本忍者觊觎，而王爷也在这时翻脸袭击陆鼎文。幸好被路过的盗墓人出手相救，双方则为自己的小孩指腹为婚。平安的度过十八年，陆鼎文的女儿陆剑萍长大了，会一身功夫。一次意外，救了扮作书生的东厂杀手水若寒（吴奇隆 饰），结识了路过的小和尚释小龙、释小福，又引起了微服出巡的二皇子朱玉龙的注意，众人结成了友谊。活泼开朗的剑萍得到了皇帝的喜爱，被指婚给二皇子。但剑萍心系水若寒，于是开始了一场逃婚之旅。而这场变动则牵扯出十八年前的那场阴谋，也让剑萍和若寒有情人终成眷属。
