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在全宿舍制的切里顿学园里，羊驼提姆被什么人吃了。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
水无月嘉祥（立花慎之介 配音）出生于一个非常传统的日式糕点世家之中，但他真正想要制作的，却是精美的西式点心。为了实现自己的梦想，水无月嘉祥离开了故乡，并且创立了自己的品牌La Soleil，成为了店里的店长兼糕点师。一天，嘉祥意外的从老家寄来的包裹里发现了躲在里面的两只猫娘香草（佐伯伊织 配音）和巧克力（八木侑纪 配音），心软的嘉祥最终决定收留两只猫娘。之后，个性大胆奔放的红豆（井泽诗织 配音）、自尊心超强的枫（伊藤美来 配音）、个性温和的桂（野口百合 配音）和成熟稳重的椰子（水谷麻铃 配音）也接二连三的来到了嘉祥的身边。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
