从忍者村逃出的女忍者佐藤子在都市中晕倒，被路过的女高中生木叶所救。然而，这只是暂时的，因为佐藤子被村里的追捕者发现了。然而，木叶却轻松击败了追击者。 ……她的真实身份，竟然是杀手！一个天真的女忍者和一个刺客女高中生开始了她们危险的生活！
曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。
