乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。
八百年前，明帝之子张若尘，被未婚妻池瑶公主杀死，一代天骄就此陨落。 八百年后，张若尘重新活了过来，却发现曾经杀死他的未婚妻， 已经统一昆仑界，开辟第一中央帝国，号称“池瑶女皇”。 张若尘望着池瑶女皇的神像，心中燃烧起熊熊的仇恨烈焰。 “待我重修十三年，敢叫女皇下黄泉”。
末日时代，陈仁拥有驾驭神秘凶狩饕鬄的血脉而被各方势力觊觎导致其家破人亡，存活后的陈仁结识了许多伙伴并开始了解到这个狩人与怪狩林立的世界，为了解开灭门的真相以及复仇，陈仁与怪狩饕餮开启了升级核芯的吞噬之旅！
憧憬宇宙、不擅长表达的少女小之星海果，遇见了自称外星人、有心灵感应能力的少女明内幽。想去太空的海果和想回太空的小幽，想要用自己的双手建造可以飞去宇宙的火箭，故事就此展开。
