未来世界中有一个列车英雄团队——列车超人，他们背负着造福人类、守护地球的使命。每当世界各地出现灾难或危机时，列车超人就会沿着铁路线全体出动，齐心协力地去化解危机。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”——一方通行，扫平学园都市的“黑暗”!
主角高文，本是地球上的一名普通人，却遭逢飞机失事，它的意识穿越时空，附生在了诺伦星球的一颗人造卫星上。在当“卫星精”的岁月中，他站在“上帝视角”，见证着诺伦星球生命的出现，文明的诞生与更替。终于，随着卫星的逃逸系统启动，高文的意识被发送到了一个公国逝世700年的开国领袖身上，揭棺而起的他将用先进的科技与思想挽大厦之将倾，让公国再次伟大！
