扎克是一名十几岁的男孩，他戴着父亲的一条项链去冲浪，不料被巨浪卷入海中，最后奇迹般被一艘海盗船救起，来到了百慕大三角，海盗船上有一把会说话的神奇宝剑。扎克发现父亲的项链叫做贝鲁之眼的神奇宝石，可以赋予他强大的力量，想要回家，就要变成海盗船船长征服七大洋。为此扎克组建了一支团队：一个鬼男孩，一位亚特兰蒂斯公主，一个维京人还有一个外星人，他将面临的是激烈的海上冒险和意想不到的挑战，从中让自己变得更强大。
主角云舒在一个绵延了十年的大梦中捡到一个残破的世界，从而开始了他震惊世人的崛起之路。云舒本身天赋异禀，却因为怪病十年不入修行门槛，受尽欺辱。在这个残破的世界中，他获得了取之不尽的灵草、用之不竭的精矿，以及一具和他一模一样的身体，身上还携带着重宝。凭借这些无尽的机缘，云舒走上了逆天地、定轮回、再造乾坤的道路。
主人公赵小天天赋异能，拥有超强的自愈能力。在历经一场意外场爆炸后，他来到了一个崇尚武道的新世界，并成为了首富赵家的嫡孙。但这一身份却让他屡遭歹人迫害
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
