一个舱室在附近坠毁，小队的露营休息被打断了。舱内的人不记得她是谁，也不记得她来自哪里。桑德很快就赶来救她。
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
以拯救蓝星为目的被制造出来“最强胚胎”品翔，被寄以厚望，将在被设定好的时间设定好的地点设定好的足球比赛中，一脚拯救世界！可他点错天赋，熟练的掌握了各种无关紧要的技能，除了足球......
昔日修仙界第一人“九魔帝尊”，遭遇背叛重伤失忆，自以为境界跌落，实则修成“返璞归真”境。直到大夏太子、宗门圣子、盗圣传人、天赋孤儿四个绝色美男跪在猪圈前求道，她才勉为其难收徒。她以为自己喂的是泔水，徒弟喝的是万年灵液；她以为自己养的是秃毛鸡，徒弟看到的是焚天凤凰。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
