百集动画片《孔子》投资近5000万元，起用了强大的幕后创作团队。国学大师季羡林生前曾担任动画片的总顾问并亲自题写片名。剧本前半部分主要由张艺谋御用“金牌编剧”李冯负责，后半部分由著名作家叶兆言执笔，最后再由山东省作协主席张炜统筹全稿，并填写了动画片的主题曲《我是你的芬芳》和《永远的怀念》。央视主持人刘纯燕担任了动画片的配音导演，还在片中为孔子的“红颜知己”兰花配音。孔子后人、著名音乐家孔祥东为动画片谱曲，国画家范曾在动画片的人物设计方面也给予了许多指导。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
