黑星盟消失后，城市恢复了和平。一宏和朋友们尝试新的融合能量并开始调查陆地上的元珠能力者陆地能力团。某天，陆地能力团攻击了海底宫殿，面对拥有新武器的蛮酷二人组，一宏毫无还击之力。而后，曾前往异次元寻找黑星盟的齐冰洋回来了。变得更强大的齐冰洋一行人决定帮助一宏和朋友们对抗陆地能力团。在黑星皇消失的地球上，陆地能力团企图通过消灭海里的能力者来控制地球。海陆两地的元珠能力者间的战争就此展开！
楚剑秋偶得混沌天帝诀，从微末中崛起，踏上万界征程！一念崩星海，一念裂苍穹！一念诛妖鬼，一念葬神魔！俯瞰诸天神域，谁敢争锋？这，就是天帝之威！
现代超市老板赵守业绑定“超市系统”穿越大乾饥荒年。绝境开局，他将现代超市里的廉价百货，化作乱世中活命的仙丹与造神的法宝，以‘降维打击’般的科技狠活轻松收服天下奇才，更凭一辆摩托征服皇帝，两人骑着重机车结为过命兄弟。赵守业祭出无人机轰炸、全息投影与“没良心炮”，用现代工业魔法对冷兵器大军展开嚣张的降维打击，平定乱世、肃清朝堂。
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
